在苹果、柑橘、葡萄、梨、草莓、李子和猕猴桃等多个树种上的研究结果表明,微生物肥料明显提高了果品品质。内在品质上主要提高了果实的可溶性固形物和含糖量、糖酸比和香气品质；从外在品质看,提高了果实着色度和硬度,果形大小较匀称。在设施栽培桃上的研究结果表明,施用生物有机肥比对照施用鸡粪明显改善了桃子品质,可溶性糖含量增加1.0%,可滴定酸含量降低3.5%；施用生物有机肥的红地球葡萄果实糖度达到14.39；显著改善了富士苹果果实的香气品质,挥发性物质多13个成分,含量多5.7个百分点。果园施用生物有机肥后显著提高了果实可溶性固形物,苹果由14.1%提高到15.6%,李子由10.6%提高到12.2%,桃由10.1%提高到11.3%,葡萄由15.1%提高到16.6%；苹果的硬度由8.1提高到8.9,桃的硬度由9.1提高到11.1；苹果糖酸比由19.6提高到28.2,葡萄糖酸比由17.8提高到26.1。在桃树上喷施微生物肥料后,果实可溶性固形物提高了5.7-10.9%,果实风味和品质有所改善。